Το λιμάνι Πυθαγόρειο συνδέει ακτοπλοϊκά Η Σάμος με Τα Νησιά Αιγαίου Πελάγους, Τα Δωδεκάνησα, Η Ικαρία & Η Τουρκία με διαθέσιμες διελεύσεις προς Φούρνοι (στην Τα Νησιά Αιγαίου Πελάγους), Αγαθονήσι, Αρκοί, Πάτμος, Λειψοί, Λέρος, Κάλυμνος, Κως, Ρόδος & Αστυπάλαια (στην Τα Δωδεκάνησα), Άγιος Κήρυκος (στην Η Ικαρία) & Κουσάντασι (στην Η Τουρκία). Πολυάριθμα Δρομολόγια Πυθαγόρειο πλοίων από αμέτρητες ακτοπλοϊκές εταιρείες.
Υπάρχουν μέχρι 14 διασταυρώσεις πλοίων καθημερινά από Πυθαγόρειο με διάρκεια πλου ξεκινώντας από 35 λεπτά. Πυθαγόρειο παρέχουμε σύντομη επισκόπηση αλλά για ενημερωμένες πληροφορίες ανατρέξτε στην Αναζήτηση για εισιτήρια.